ИМХО - Генеральной Линии бэка такая ситуация не противоречит нисколько.
Я бы еще предложил такой вариант - твои три системы со времен колонизации составляли единое государство, которое потом, например, во время ВКП(ч) (Великого Крестового Похода(человека)) добровольно присоединилось к Империуму.
Для каждой планеты хотели назначить губернатора. Но случилась какая-нибудь жопа, (Ересь, ЧКП(а) (Черный Крестовый Поход (аббадона)), некроны, варп-шторм, тираниды, орки, космические амебы), губернаторов назначить сразу не успели, а потом решили - " А че, и так нормально все" и забили.