Альфачи, конечно, упоминаются во многих книгах, но даже в Очке их, крайне мало, для такого крупного Легиона. Все эти рогатые и не рогатые варбанды не сильно многочисленны и уж тем более несколько демон-принцев. Я напоминаю, что Легион был очень крупным и в Ереси не понёс какие-то уж совсем катастрофические потери.
То что во время Очищения их могли зачистить... ну могли, в теории, вот только каким образом их нашли чтобы зачистку организовать? Фактически после того, как Альфарий (или это был Омегон?) отдал Хорусу план оборонительных сооружений Солнечной системы, Альфа-Легион исчез в неизвестном направлении. Никто не знал ни их базовой планеты, ни расположение опорных пунктов Легиона. А даже если бы и знали где искать, не факт, что их бы там нашли. Могли перебазироваться. Я даже вполне могу допустить, что Альфа свалила в Паутину и там себе плацдармы создала, по типу Коморры. К тому же во время очищения было за кем гоняться, кроме неуловимых Альфачей. Вполне возможно, часть легиона попала под раздачу Очищения, но исходя из специфики Легиона и наличии генотеха, Альфа-Легион может наклепать столько морячков, сколько их душе угодно. А под раздачу могли подсунуть каких-нибудь ряженых или не особо нужных маринадов.
Потом, я подчеркну, что Альфа-Легион был одним из самых дисциплинированных Легионов и причины, чтобы устраивать внутреннюю резню у них не было. Это не Повелители Ночи и не Дети Императора. К тому же если допустить, что один из примархов остался жив, то крайне маловероятно, чтобы он допустил глубокий раскол в Легионе.