Очень интересно.
1) Вавилонско-шумерская цивилизация - слишком общее название. Обычно в научной литературе используются понятия "шумеро-аккадская цивилизация" и "вавилоно-ассирийская цивилизация", так так культура Междуречья включает в себя культуру шумеров, аккадцев (которые, кстати, являются семитами), вавилонян и ассирийцев. Т.е. здесь надо провести различие.
2) Про противопостовление богов - это имхо весьма и весьма спорное утверждение. Образ Изиды, например, в определенный исторический период заимствовал качества Иштар-Астарты. Происходило взаимовлияние культур.
То, что Мардук мог противостоять Ра/Омону-Ра/Осирису/Гору/вставьте_имя_египетского_божества вполне возможно, но тут речь идет скорее не о идейной, религиозной борьбе, а о борьбе политической. У обоих народов были боги-покровители, и в моменты розни и столконовений сталкивались не только люди, но и их божества.
3) Императора можно с большой натяжкой сравнить с Мардуком.
4) Вся аналогия о противостоянии цивилизаций весьма условна и спорна. Греция и Персия, Греция и Египет, Египет и Ассирия, Вавилон и Греция, Рим и Греция и т.д. вплоть до США и СССР - все это примеры противостояния традиций, идей и порой цивилизаций.
В таком случае Императора можно сравнить с Александром Македонским, Юлием Цезарем, Тамерланом, Чингис-Ханом, Ричардом Львиное Сердце и т.д.
Вывод: вся идея об "аллегории на реальную историю человечества" безусловно имеет право на существовние, ибо все создатели фантастических миров обитают в мире реальном, откуда они черпают вдохновение. Однако привязки к конкретным периодам, персонажам и прочим историческим реалиям весьма и весьма условны. Ибо фантастические миры обладают своей внутренней логикой, своей мифологией и т.д.