Ты не правильно понимаешь сообщение об ошибке. В pipeline настроен маппинг папок, по которым конвертер ищет "где брать, куда класть"
Если ты сделал всё правильно,а именно, по порядку: Установил DC, пропатчил до DC1.2, установил мод.тулзы, то всё должно быть ОК.
Мод тулзы должны быть установлены в Dawn of War - Dark Crusade\ModTools\
При этом сразу создается мод MyMod, настройка на него в pipeline и папки \ModTools\DataGeneric\ \ModTools\DataInt\ \ModTools\DataSrc\ где игра расчитывает видеть исходные файлы для модов.
При этом, важно расположение исходных файлов модели для конвертера (то самое "где брать, куда класть"). Итак, правильное расположение файла солдата стального легиона:
Dark Crusade\ModTools\DataSrc\My_Mod\Art\EBPs\races\steel_legion\troops\steel_legion_soldier\Reference\Ref.max
тогда при конвертации он будет появляться в
Dark Crusade\My_Mod\Data\Art\EBPs\races\Steel_Legion\troops\steel_legion_soldier.whm
все эти пути заданы в pipeline по умолчанию, проще всего их придерживаться и не фантазировать.