Да, но культурно они давно уже с Китаем - например, в эпоху империи Цинских мператоров монголы были одним из столпов трона, и входили в семизнамённое войско, то есть большинство китайцев понимали, что монголы как бы "свои", как для нас буряты "свои", и даже немножко как бы "элита", потому что они в том числе были когда-то правящей династией. А что говорят по-своему- ну так там в каждой провинции свой язык, это в сущности не так критично.
Также немаловажный фактор в том, что Внутренняя Монголия сильно отличается природно от остального Китая, и осваивать степи китайцы особо не стремились. К тому же монголы идеи коммунистов вполне легко приняли и в целом опять же получается, что они полностью социально-близкие.С уйгурами не так, с ними китайцы воевали последние 500 лет с разным успехом (хотя китайцы считают эту землю целиком своей, потому что в глубокой древности она много раз входила в состав Китая, но постоянно отсоединялась), при этом уйгуров они считают людьми второго сорта, уйгуры в целом не принимают китайскую культуру , религия у них совершенно другая, идеи коммунизма им скорее всего чужды - они тяготеют к тюркскому миру и, видимо, к Ирану. Отсюда и конфликты и терроризм.