По поводу наказаний. У меня часто срабатывал такой метод: если кот накосячил, берешь крепко за шкирку и несильно треплешь (водишь рукой с зажатой в ней шкиркой туда-сюда вдоль кота). Главное, как уже сказали, делать это сразу после косяка. Иначе кроме обид ничего не добьёшся.
По поводу туалета. Сдаётся, тут всё сугубо индивидуально. Я своему после первого раза мимо, ещё в глубоком детстве, просто сел и рассказал, что он не прав и ходить надо в лоток (показал лоток). С тех пор ходил чётко, даже в новый, даже в чужой квартире, когда отдавали на время отъезда.
Но! Был случай, когда он начал периодически ходить мимо (у нас был лоток без наполнителя, без газет, ходил всегда ровно, причём мог и несколько раз, хотя выказывал недовольство). Долго не могли понять в чём дело. Потом сообразили: кот подрос, стал тяжелее, решётка стала под его весом прогибаться и он начал мочить лапы. Поменяли лоток - стал опять ходить ровно.