Ну попробую написать что помню 
Сам одно время долго по инету лазил в поисках инфы. 
 
Про семичасовую войну писали. Могу добавить что Фримен попал не в аномалию, а его Г-мен вроде как в стазис запихнул а потом разбудил уже во время второй части. 
Про то кто такой Г-мен есть несколько версий: 
- это сам фримен из будущего (зеленые глаза, G-men:Gordon Freeman и тд, всех совпадений не помню уже ) 
-представитель какой-то тайной земной организации которая следит за событиями (предположительно они заслали спецназ в первой части, а потом и черных беретов взорвавших Блек Мессу) 
-представитель инопланетного сопротивления Альянсу 
 
По поводу Сталкеров и солдат Комбайн. 
Есть 3 вида солдат первые - метрокопы (в белых противогазах которые ещё в самом начале ХЛ 2 шляются с дубинками) - это обычные люди с промытыми мозгами. 
Однако спецназ с синими глазными линзамми и элита уже не люди, это модифицированные люди (киборги проще говоря, именно туда уходят люди пропадающие во время облав). Сталкеры это неудавшиеся плоды модернизации людей в солдат. 
 
Героя Оппосинг Форс Г-мен со словами что тот "ему симпатичен, но видел слишком много"также как Фримена запихнул в стазис, где он прибывает до сих пор ))) Вроде как разработчики говорили чтомы его ещё когда-нибудь увидим. 
 
Нихилант же был аналогом Брина но на Ксене (который тоже был порабощен Альянсом, то есть Фримен освободил Ксен, потому и вортигонты на стороне людей).