Интересная тема. На Реликфорумс, ЕМНИП, уж такое поднималось.
Если интересует мое мнение, то:
1. Серьезно уменьшить количество отрядов
2. Уменьшить живучесть юнитов и/или увеличить урон оружия
3. Классно было бы сделать line of sight (см. "Коммандос"), но я не знаю, реализуемо ли это.
Вообще, я бы на вашем месте (с Уфо мод делаете, не так ли? :)) использовал "Коммандос" как точку отправления. Удачный пример реалтаймовой тактики. Например, сделать отряд из несколький специализировнах солдат, у каждого - свои уникальные абилки. Нарисовать большие красивые карты с патрулирующими врагами (скрипты) и Раздать специальные задачи (убить высокопоставленого колдуна Хаоса, унести секретный артефакт Пятка Кровожада и т.д.)