Тут все просто: модифицируется не БС, а результат броска.
Таким образом, морячок с БС 3+ всегда попадает из тяжелой плазмы на 3+, даже если ходил и стреляет по самолету.
Но вопрос в том, что выпашая на дайсе 3 с модификтором -1 от ходьбы и -1 от стрельбы по воздуху превращается в единицу - есть триггер перегрева, прощай храбрый десантник.
Обратное тоже верно: если упомянутый морячок имеет модификатор +2 на тухит, то выпавшая на дайсе единица превращается в безопасную тройку, и перегрева нет. Однако в правилах есть оговорка, что для целей определения успешности бросков на попадание, ранение и спасбросков при выпадении живой единицы модификаторы в расчет не берутся.