Пошел именно по этой ветке и всё вроде логично.
Приходишь сразу, выпиливаешь наемников (а хренли они таки дерзкие), захватываешь шпиль. Первый этаж это проход в стены, а оттуда лезут призраки и он запечатан. Кстати, видишь походу дела торговцев, которые сваливают потихоньку с города, который по сути никто не охраняет.
Потом идёшь к Нерату и он тебе дает наводку на своего связного в городе. Идёшь и связываешься с ним, идёте запечатывать вход уже окончательно, с помощью артефакта в виде каски (анекдот, про руки скованных горном, которые че бы не делали получаются доспехи). Тут то и нападают наемники, которых ты выпилил раньше (ты же не решил всерьез, что за раз выпилил ВСЮ организацию). Устраивают погром в отместку за "потерю крыши" и воруют мегакаску.
Всё нормально. И игра реагирует на твой "промежуточный" захват перекрестка.