Вариант с "ковчегом" мне очень нравится - тема бегства от ярости бога, кмк, подходит для эльдар. Пафос, опять же...
Однако, я против этого варианта - это будет уже додумыванием - ГВшники не преминули бы написать "ark" (думаю, не глупее нашего), но нет. Одно дело, если бы это был просто оборот речи в каком-нибудь тексте, но тут мы имеем термин, общий для целой группы объектов, а при переводе терминологии следует держаться максимально близко к оригиналу.
ИМХО: мне кажется, что нишу религиозности, набожности и христианской традиции ГВшники отвели для Империума. Т.е. в данном контексте соотносить "миры-корабли" с "ковчегами" было бы нелогично.