Бывает два случая (не помню, различается ли статус, который корабль получает или нет):
1) Бунт или попытка отварпа, когда есть возможность расстрелять, тогда просто жмакаем по черепку и расстреливаем часть команды.
2) Бунт, когда нет возможности расстреливать, тогда только абилкой флагмана. Если бунтующий корабль достаточно долго проживёт и не успеет сбежать, контроль над ним может вернуться через какое-то время (поэтому, при отсутствии других целей, стараюсь добивать бунтующие кораблики).