Отвечаю навскидку, поэтому могу и ошибиться. Все ответы на уровне ЕМНИП.
По-моему, лорд-командующий уже имеет достаточно полномочий для отдачи приказов всей группировке войск, задействованных в конкретной операции, в том числе и флоту. На Таросе, по крайней мере, Густавусу подчинены были и адмирал Флота, и генерал ИГ. Но надо учитывать, что эскадра силам вторжения была подчинена ad hoc, а не штатно. А так - командующий субсектора, имхо.
От полка к полку - абсолютно по-разному. В старом бэке были и учебные части - "Белощитники", и призывники с родной планеты полка, и пополнение из первых попавшихся источников, включая необученных призывников.
Все зависит от техноуровня планеты формирования и зоны боевых действий. В диапазоне от "микрорация у каждого рядового" до "связь конными курьерами и почтовыми голубями".
В рульбуке пятерки (ЕМНИП) упоминались "отдельные штурмовые роты №№ такие-то", задействованные против мятежной планеты К... К... Как-то-ее-там.
Вполне возможная вещь.
Существуют и может... Но не обязан, по крайней мере, на уровне старших офицеров. Дабы не искушать этих офицеров дополнительными удобствами при возможной их нелояльности Империуму (после Ереси на этом заморачивались очень серьезно).
Командование Сегментума, КМК - это верховная и гражданская и военная структура, круче только Сенаторум Империалис (и прочие структуры, что сами себе хозяева). Впрочем, могу и ошибаться - не помню, как разделены и разделены ли полномочия Администратума и Гвардии на уровне Сегментума, тем более, что в состав хайлордов Терры входят как командующий Сегментума Солар, так и магистр Администратума. На планетарном уровне - губернатор планеты управляет планетой и командует СПО, гарнизон Гвардии, если он есть, ему не подчинен, а подчинен командующему гарнизоном, то же и с арбитрами - у них свой маршал, губернатору неподотчетный. Впрочем, генерал-губернатор может командовать и СПО, и Гвардией, хотя эта практика обычна для воюющих миров/миров завоевания, где нет отдельно взятых СПО, есть гвардейские полки, воюющие на данной планете. Гражданское руководство секторами и субсекторами осуществляет Администратум (опять же, и тут не без исключений - в ДХ губернатор столичного мира Каликсиды руководил всем сектором).
Воитель - это не штатная должность в структуре ИГ, это почетный титул, присваиваемый особо выдающимся полководцам. Так что каждую операцию с Вармастером согласовывать не выйдет.
Подробнее - кодекс ИГ, рульбук и рулы БФГ, и худлит впридачу.