Думаю трейторов было больше лоялистов на момент окончания осады. Трейторы побежали из под дворца не из-за больших потерь, а смерти Горуса. Фактически исчез тот ради кого можно было сражаться, ночники и дети себе на уме во время осады, остальные штурмуют пока есть верховный - нет верховного, ради кого лезть на стену, ради чужого примарха? Тоже самое и примархи, там и так доверие было весьма шаткое (а часть положила болт), поэтому в условиях неясности и потери головы они отступили куролесить по империума.
Потом их ультрамарины вместе с дарками и волками отлавливали по одиночке (ультра так имела неплохие зарубы с ночниками, альфой, железными воинами и под конец детьми императора за десять лет после ереси). Исход в око ужаса произошел не сразу после битвы за дворец, там много событий произошло под названием великого очищения.
Теперь почему их больше. 1) Трейторы врятли атаковали дворец имея соотношения 1 к 1, да и 2 к 1 тоже врятли, скорее всего 3 к 1 если не больше, известие о подходе да, волков, ультрамаринов заставило их от идеи дальше продолжать осаду, так как численность видимо была бы уравнена. 2) Потери на истване 3 были запланированы хоть и несколько скорректированы, фактически большой процент потерь понесли именно дети императора, остальные отделались 20-25%. 3) Трейторы активнее лоялистов юзали чужое геносемя, ускоренный набор и некоторые легионы готовились заранее к большим потерям (сыны гора, несуны, альфа, ночники). Поэтому из-за большой численности трейторы умудрились потерпеть на осаде, по одиночке сражаться с лоялистами и еще между собой устроить войну в оке и не кончиться (хотя как минимум половина легионов сильно деградировала). Лоялисты скорее всего сильно затерпели в повторном очищении, где организация и сохраненная рекрутская база ультрамаринов сказала свое слово, настолько что было легче распустить легионы на ордены, чтобы каждый сам искал место для существования.