Ведомство Рябикова.
Upd.
Чувствую, что нужно опять развернуть :).
Проект С-25 считался настолько важным для страны, что котировался на уровне «ядрен-батона». Поэтому заказчиком был, фактически, СовМин, через третий главк.
З.Ы. Если интересны подробности, есть хорошая книга Альперовича, в названии что-то про ПВО Москвы, ЕМНИП.