Ну мы точно не знаем процессов создания примархов и их истинной сути, но везде фигурируется, что у них есть душа. Именно душа, а не какая-то варп сущность в теле. То есть по идее они обычный живой организм с душой, как человек или космодесантник. А что до варпа, то вероятно что Император нашел способ каким-то образом связать варп-энергию и органическое существо, и это не постоянный коннект с варпом, потому что он бы обрубался в присутствии тех же сестер, а именно заключенный запас энергии варпа в самих телах примархов, энергия, которой они могут пользоваться. Вполне возможно, что за это может отвечать один из их многочисленных непонятных внутренних органов. Да и смерть примархов похожа на то, что их них выходит содержащаяся внутри энергия