1. рутов каждый орден набирает исходя из своих собственных пристрастий и предпочтений. Некоторые берут людей из варварских племен, другие - только представителей аристократии. Соответственно отличается и результат. Почему так или иначе - вопрос другой. Думаю, это зависит от личности основателя, а также из прагматических соображений (планеты, близкие к основной базе например).
Впоследствии в зависимости от человеческого ресура идеология Ордена подвергается некоторым изменениям. Отсюда благородство Ультрамаров или угрюмость и враварские традиции Мортифакторов. Ордена, произошедшие из одинаковых Легионов в итоге очень сильно различаются.
Данная разница впоследствии усугубляется, так как рекрутов набирают "на свой вкус". Выходцу из варваров будут близки варвары, аристократу - аристократы.
В этом первая причина ренегатства. В течении поколений изначальное учение искажается под воздействием местных культур до такой степени, что это привлекает внимание Инквизиции со всеми вытекающими последствиями.
2. главный грех - гордыня. СМ - это элита человечества, посвятившая всю свою жизнь его защите. В преставлении многих - они живые боги среди людей. Почему началась ересь Хоруса? В первую очередь потому что часть СМ была недовольна тем, что их "задвигают" на задний план. Война вроде как скоро кончится и зачем они нужны? У руля оказались простые люди, бюрократия, счетоводы, экономисты и т.д. Воины сделали свое дело, воины должны уйти. Спустя тысячелетия ситуация мало изменилась. Вторая основная причина - недовольство своим положением и неблагодарность властей, которые "забывают" благодаря кому еще могут существовать. Причина ереси Константина именно в этом.
Ренегаты вполне могут считать себя верными Императору и/или своим Примархам. От себя могу добавить, что они заблуждаются и льют воду на мельницу врагов Империума. Это мое имхо