Рабами, после того как наместника в первой части убил они переходят на твою сторону (имеется ввиду, что они за людей во второй части). В самом Халф Лайф 2 (оригинал), поговори с вортом, который пушку ставит на твой катер (недалеко от начала игры), он об этом говорит.
Наместника
про войну уже написали, от себя добавлю, что никто из разрабов не грит, что было между первой и второй частью, но похоже Гордона занесло в какуюто временную аномалию, и он переместился на 20 лет вперед (события второй части от первой - около 20 лет). Кто-то (то ли Кляйнер, то ли Г мен) во второй Халфе говорили, что Гордон ничуть не постарел.
ИМХО, что-то вроде подготовки. Мол пусть выедят пол населения, остальных добьем (чисто мое предположение)
Они из того же измерения, с которого Комбайны, а вортигонты - из немного другого. Вортов комбайны поработили (что-то типа семичасовой войны в ихнем измерении было) и оставили Наместника, которого и убиваешь в первой части. да)
В общем у меня создалось впечатление что вселенная огромная и интересная но почему то нераскрытая...