Ну, начнем с того, что Ямато и Мусаси - не образцы кораблей, спроектированных в расчете на живучесть. Японский стиль и минималистика = звездец.
Далее, ПВО - дело наживное, притом была парочка проектов (ЕМНИП включая адаптацию С-25 со спец БЧ) под нужды ПВО кораблей.
Но ты забываешь что альтернативы в то время как носителя ЯО Сталинграду просто не было.
Ракеты и бомберы справились-бы хуже с задачами....