Ну, шутки-шутками, а так мотивация у него вполне простая и понятная: 
Есть свои, есть чужие, есть легионеры лояльные к нему, есть лояльные в большей степени другому примарху, пускай и вармастеру, решение очевидно. 
Они ж сами хотели выпендрится и показать свою крутость перед Хорусом, ну окей. Выслав их, он не допустил дурдом как у тех же Шрамов. 
 
Тем более, что были терране которые остались в Легионе после всех этих событий, т.е. лояльные к Кораксу.