Одним и тем же они являются, только потому, что так считают имперцы, через призму которых непосредственно мы с вами обозреваем вселенную. Для них это все едино. И на практике тоже все едино, потомучто сейчас Хаос доминирует в варпе. Но реально, Хаос =/= Варп. По крайней мере, когда-то так было.
Хаос одна из "космических" сил существовавших в варпе всегда и проявил он себя относительно нашей галактики совсем недавно (Слаанеш позже всех). Самое логичное объяснение, кмк.