Есть видео и на эту тему.
Коротко выжимка информации: да, был такой запрет во времена Старой республики, но за несколько десятков-сотен лет до Палпатина его убрали. Так что быть Ситхом на момент пребывания Палпатина на посту - не есть преступление. (кстати в новеллизации вышедшей вместе с фильмом этот момент прямо Палпатин произносит).
На самом деле первоначальная версия тоже была вполне себе нормальной. (до введения бэка про чипы)
Приказ номер 66 был разработан на случай перехода Джедаев на сторону врага.
Как раз перед тем, как Винду пошел арестовывать Палпатина, был принет закон что канцлер становился верховным главнокомандующим, а Джедаи оставались генералами. Соответствнно - генеральский мятеж -> джедаи вне закона => Приказ 66.
А подчинение у клонов зашито и так.