С тех пор многое поменялось и теперь за личность отвечают энграммы - чем выше твоё положение в обществе - тем круче у тебя энграмма, чем круче у тебя энграмма - тем больше ты тот самый некромтир, чем машина.
В примерах:
Сарех, у которого энграммы самые крутые - полностью сохранил своё сознания и его даже мучает совесть (отключил протоколы подчинения и пошел искать способ обратного биопереноса). И войны некронов, у которых худшие энграммы и которые не помнят себя в прошлых жизнях (в которых они не было войнами, лол)
Насчёт души - не обязательно её именть, что бы жить в мири вахи. Парии - яркий тому пример. А ещё посесты - которые меняют свою душу на могущество и становятся одержимыми демонов, сохраняя при этом рассудок (хоть и на не очень длительное время).
Кстати, тут забавная статья про ретроспективу некрон.