Ну вообще, Духом Машины называют и подобие искусственного интеллекта, и такие явления, как болтеры ненавидящие орков. Вот например когитаторы Лэндрейдоров достаточно мощны и технологичны, чтобы например машина могла самостоятельно вести огонь из орудий, или вот пример с Саламандрами, где оказалось, что бронекостюмы Центурионов могут работать автономно, без операторов. То есть тут чисто технология, а механикусы просто наделяют мистикой такие вещи и называют все подобные явления, будь это реально некоей сущностью машины , родившейся в результате намаливания, либо банально продвинутой технологией, Духом Машины.
Наверное, тут дело в том, что многое в Империуме делается по шаблону, чертежу, и в суть изделия не вникают, поэтому они то собирают по инструкции, но могут не знать возможностей когитаторов Лэнд Рэйдера и потом говорить вот мол у машины душа есть, сама стреляет