Насколько я понимаю, уничтожались ксеносы не просто так. С учётом того, сколько ксенорас было встречено во время ВКП, с ними можно было и союз заключить, чтобы получить большую силу. НО.
Во-первых, человек - животное агрессивное. Объединиться человечество может только при сильном лидере (Цезарь\Август и ко., или А.Македонский), или при наличии какого-либо общего врага. Император же решил подстраховаться на случай своей гибели, поэтому гражданам новорождённого Империума с детства вдалбливалось правило "Убей ксеноса". Во вторых, группу людей со схожими признаками объединить гораздо легче, чем других (Вспоминаем того же Македонского и его персидско-греческое царство, распавшееся, собственно, на персов и греков). Опять же, расизм. В-третьих, большая часть ксеносов непостоянна. Сегодня они - за Императора, а завтра уже за кого-нибудь другого, или же сами по себе. Естественно, они начинают активно гадить в кашу Империуму при помощи его же технологий. Ну, и наконец, Императору банально нужны были ресурсы, а далеко не каждая планета согласна просто так взять и отдать их. Правда, в последнем случае под раздачу попадают ещё и люди, но с ними, как правило, сначала пытались договориться (свои, как-никак), а ксеносов спрашивали только один раз (или, если времени нет, вообще не спрашивали)