Говорят, решается следующим образом. Смотрим путь C:\Users\Имя пользователя\AppData\Local\THQ\Relic Entertainment\Space Marine\ (это для Win 7).
В этой директории должен лежать файл gamePC.cfg. Однако, почему-то он не у всех создаётся, отсюда и проблема с сохранением настроек. Необходимо создать его вручную. По идее теперь, после запуска игры, в нём всё должно прописаться и в будущем уже будет сохраняться как положено.
На всякий случай, вот тут http://forum.ixbt.com/topic.cgi?id=25:21895-7#248 можно посмотреть содержимое этого файла.